Fue designado presidente de la Junta formada el 25 de mayo, pero su nuevo cargo no parecía agradarle demasiado, según lo cuenta en sus memorias: "Con las más repetidas instancias, solicité al tiempo del recibimiento se me excuse de aquel nuevo empleo, no sólo por falta de experiencia y de luces para desempeñarlo, sino también porque habiendo dado tan públicamente la cara en la revolución de aquellos días no quería se creyese había tenido particular interés en adquirir empleos y honores por aquel medio. A pesar de mis reclamos no se hizo lugar a mi separación. El mismo Cisneros fue uno de los que me persuadieron aceptase el nombramiento por dar gusto al pueblo. Tuve al fin que rendir mi obediencia y fui recibido de presidente y vocal de la excelentísima Junta (...) Por política fue preciso cubrir a la junta con el manto del señor Fernando VII a cuyo nombre se estableció y bajo de él expedía sus providencias y mandatos".

Ante la desaparición de Moreno, Saavedra creyó ver fortalecido su poder. El 5 y 6 de abril los saavedristas Joaquín Campana y Tomás Grigera movilizaron a los sectores suburbanos hacia la Plaza de la Victoria con el apoyo de los Patricios, los Pardos y Morenos contra el sector morenista de la Junta. A las tres de la mañana entregaron un petitorio en el Cabildo que decía entre otras cosas: "El pueblo de Buenos Aires desengañado a vista de repetidos ejemplos, de que no sólo se han usurpados sus derechos, sino que se trata de hacerloshereditarios en cierta porción de individuos, que formando una fracción de intriga y cábala, quieren disponer de la suerte de la Provincias Unidas, esclavizando a las ambiciones de sus intereses particulares la suerte y la libertad de sus compatriotas".

Durante el período de la anarquía, se retiró a Montevideo, de donde regresó al constituirse el gobierno de Martín Rodríguez, en octubre de 1820. En 1822 se le otorgó el retiro absoluto del Ejército. Siendo ya un anciano, ofreció sus servicios en ocasión de la guerra con el Brasil. El gobierno, por medio del ministro de guerra, Coronel Marcos Balcarce, le hizo saber que agradecía el ofrecimiento y que, llegado el caso, sería aceptado con la consideración que se debía a su avanzada edad. Murió en Buenos Aires el 29 de marzo de 1829. En Diciembre de ese año el gobernador de Buenos Aires, Juan José Viamonte, trasladó los restos de Saavedra a la Recoleta y le brindó un homenaje. En el decreto decía:

"El primer comandante de Patricios, el primer presidente de un gobierno patrio, pudo sólo quedar olvidado en su fallecimiento por las circunstancias calamitosas en que el país se hallaba; pero después que ellas han terminado, sería una ingratitud negar al ciudadano tan eminente el tributo de honor debido a su mérito y a una vida ilustrada con tantas virtudes que supo consagrar entera al servicio de la patria."