La partida de Saavedra fortaleció a los morenistas, que convencieron al cabildo porteño de que se debía organizar un ejecutivo fuerte. Por eso formaron un nuevo gobierno de tres miembros conocido como Primer Triunvirato, que sería asesorado por la Junta Conservadora de los Derechos de Nuestro Amado Fernando VII, formada por los miembros de la disuelta Junta. Además de la Junta Grande, se anularon también las juntas provinciales.
A sólo 8 días de su llegada a Salta, Saavedra recibió la comunicación de que había sido separado de la Junta y que debía dejar el mando del Ejército a Juan Martín de Pueyrredón. Semanas más tarde, la Junta sería disuelta por el Triunvirato, completando el proceso por el que todo el poder era asumido por la ciudad de Buenos Aires.
El Regimiento de Patricios se sublevó el 6 de diciembre de 1811, reclamando el regreso de Saavedra y la renuncia de Belgrano, en el llamado Motín de las Trenzas. El cuartel fue rodeado y los intentos de negociación fueron infructuosos, ya que los Patricios no abandonaban sus demandas. La protesta degeneró en combate, en la que los rebeldes fueron derrotados; diez de ellos fueron ejecutados, y los demás fueron obligados a servir a la fuerza por diez años.
El Triunvirato ordenó a Saavedra trasladarse a la ciudad de San Juan, de donde pasó a Mendoza. Varias veces se cursaron órdenes de prisión en su contra, pero no llegó a estar nunca preso. Cuando el Director Supremo Gervasio Antonio de Posadas — uno de los desterrados de abril de 1811 — ordenó su arresto en junio de 1814, huyó a la ciudad chilena de Coquimbo y luego a Santiago de Chile junto a su hijo Agustín, de 10 años de edad.
Ante la proximidad del ejército realista, por pedido de su esposa doña Saturnina Otárola, el gobernador de Cuyo, José de San Martín, le concedió asilo en San Juan. En marzo del año siguiente fue llevado escoltado a Buenos Aires por orden del nuevo Director Supremo Alvear, pero tras la revolución del 15 de abril de 1815, el Cabildo lo indultó provisoriamente y le regresó su cargo militar. El nuevo Director Supremo, Ignacio Álvarez Thomas, lo conminó a abandonar la ciudad de Buenos Aires y le fijó domicilio en la estancia de su hermano cerca de la ciudad de Arrecifes, con la excusa de ahorrarle el riesgo de sufrir represalias.